1938. Indiana Jones ezúttal részben személyes okokból hagyja ott a tanári szobáját és csatolja fel ostorát. Hírt kap arról, hogy édesapját - akinek árnyékából számos kaland, eredmény és tudományos elismerés után sem volt még képes kilépni - elrabolták!

   Kiderül, hogy idősebb Jones professzor a nácik fogságában van. A németek tudják, hogy Jones titkos naplója számos olyan fontos feljegyzést tartalmaz, amely segíthet nekik közelebb kerülni néhány hőn áhított műkincs lelőhelyéhez.

   Ezúttal sem akármilyen ereklye után folyik a hajsza: a nácik a Szent Grált akarják megszerezni mindenáron, a kelyhet, amely a legenda szerint az örök élet kulcsa!

   Indy kénytelen behatolni az oroszlán barlangjába - a nácik főhadiszállására, hogy kiszabadítsa apját. A két Jones ettől kezdve egyszerre lesz üldözött és üldöző: életveszélyes kalandok tucatjain vereszik át magukat, hogy a németek előtt kaparintsák meg a kelyhet, miközben sarkukban lohol az egész Harmadik Birodalom. A kalandok során fény derül arra is, honnan kapta ifjabb Jones az Indy nevet!

Indiana Jones élete egyik felében jólszituált régészprofesszor, aki katedráján félszegen ácsorogva, szemlesütve fogadja egyetemi tanítványai rajongását; másik felében viszont magányos hős, oldalán univerzális lasszóval és pisztolyokkal, aki semmilyen kalandtól nem riad vissza, hogy megszerezzen egy-egy értékes műkincset múzeumának.
Ez a rész Indy eddig elkészült utolsó kalandja. Itt ismét a náci Németország kutat valami után, ami Jones professzornak is kellene. Ez a valami nem más, mint Krisztus kelyhe, melyből az utolsó vacsorán ivott - azaz a Grál. A kelyhet egy kereszteslovag őrzi egy föld alatti szentélyben, de ahhoz, hogy szereplőink eljussanak idáig, természetesen rengeteg kalandon kell még keresztülmenniük. Indy természetesen most sincs egyedül, de az elmaradhatatlan csinos nőn kívül valaki más is belekerült a történetbe: az idősebb Jones professzor, a világhírű Bibliaszakértő, akit Sean Connery alakít.